La palabra "claustro" viene del latin claustrum, que significa un espacio abierto al cielo y cerrado al mundo. Este claustro se hizo en devoción al fundador de la orden franciscana, San Francisco de Asís. Se ha determinado que este sitio fue construido en el lapso de 1750 a 1775, en su parte central se encuentra un patio y un aljibe terminado en 1881.

Cuenta con 26 óleos sobre tela, pintados ex profeso para este sitio, que retratan diferentes pasajes de la vida del santo y fueron un instrumento útil y pedagógico para enseñar cotidianamente a aquellos que moraban en el Colegio de Propaganda Fide de Guadalupe, Zacatecas. Este conjunto es de gran trascendencia, ya que por más de 250 años se ha conservado completo, existieron varias series en conventos novohispanos que presentan la vida de San Francisco, pero éste es el único en donde se conserva la serie completa y en su lugar original. Cada uno de los lienzos incluyen versos que explican el tema y al pie de cada escena se encuentra el nombre del benefactor que donó recursos para que se hicieran los cuadros. El artista retrata a san Francisco de Asís, no sólo como el fundador de una familia religiosa sino también como un modelo a seguir para los hombres y mujeres de su tiempo. Las imágenes narran hechos biográficos y algunos de sus milagros. 

La iconografía del claustro guarda un mensaje alegórico que invita a imitar a Cristo. Cada lienzo está impregnado por el espíritu barroco de la época y por composiciones abiertas que sugieren movimiento, haciendo que el espectador se sienta inmerso en los lienzos, convirtiéndolo en testigo de las hazañas de san Francisco de Asís.  

La obra pictórica forma un abanico de escenas existenciales franciscanas que manifiesta el ideal del fundador: la imitación de Cristo y de los apóstoles en un ambiente de perfección individual y de pobreza, sumado al vasto apostolado popular de salvar el alma de todos sean fieles o infieles sin descuidar en la tarea una estrecha obediencia a la Iglesia Católica.