La capilla de Aranzazú se encuentra en la planta alta de los que fuera el Convento de San Francisco, hoy Museo Regional Potosino, localizado en la Plaza de Aranzazú s/n en el Centro Histórico de San Luis Potosí. 

El recorrido de la Capilla de Aranzazú se inicia en la escalera que dirige a ésta. Antes podemos observar en la parte superior el lucernario que permitía la iluminación y ventilación del corredor que conducía a la capilla. Una vez arriba se puede observar un arco adornado con una ventana octagonal y en la parte superior una “cruz de Caravaca”.

Pasando este arco nos encontramos en el vestíbulo o atrio de la capilla, cuya peculiaridad radica en que es el único que se encuentra cubierto. Este espacio tiene una bóveda con cuatro ventanas, y las figuras que lo adornan simbolizan el luto por la muerte de San Francisco de Asís.

Originalmente este vestíbulo presentaba circulación de norte a sur. El corredor de la derecha conectaba con el claustro y el de la izquierda, en donde aparece un escudo franciscano con cinco cruces, apuntaba hacia la Comisaria de los Santos Lugares de Jerusalén, lugar donde se concentraban los fondos recaudados por los franciscanos para el resguardo y manutención de los santos lugares.

La fachada de la capilla, labrada en cantera rosa, es una de las obras más representativas del barroco potosino, que presenta una exquisita ornamentación con motivos vegetales. Está formada por dos cuerpos: el primero está compuesto por el vano de la puerta y dos pequeños nichos de poca profundidad a sus costados. En la parte superior del arco de la puerta se sostiene una clave labrada con el escudo de Aranzazú, en el cual se representa un perro y un árbol con una campana, sobre los que aparece el rostro de un ángel. Al centro de una fina moldura y de la pequeña cornisa que hacen la separación de los dos cuerpos, está labrado el monograma de María.

En el segundo cuerpo se encuentran dos escudos franciscanos pintados; el de la izquierda representa la transmisión de los estigmas de Cristo a San Francisco de Asís, y el de la derecha representa las cinco llagas de Jesús. Arriba de estos y en el centro se encuentra el escudo que simboliza la muerte de San Francisco de Asís. Rematan el conjunto dos querubines en relieve.

En el umbral de la puerta de la capilla, se encuentra una venera característica en el conjunto franciscano y que puede ser asociada con la pureza que se recupera a través del bautismo.

A la derecha de la puerta se encuentra un marco bellamente adornado. Antiguamente era una puerta —actualmente está tapiada— de acceso para los fieles, creada para no violar con su presencia la intimidad de claustro franciscano. Una vez cruzada esta puerta se pasaba a una pequeña estancia, en la que todavía se puede apreciar la otrora pileta de agua bendita, para de allí salir por una escalera que daba hacia el patio, actual Plaza de Aranzazú, y salir del conjunto por la llamada “puerta falsa” que actualmente se ubica en la misma plaza.

En las paredes internas de la capilla se encuentran una serie de elementos que tienen una doble función, la de sostener estructuralmente el espacio y la de decorar y ornamentar. Estos elementos característicos del barroco están constituidos con forma de pirámide truncada con el ángulo menor hacia abajo y conocidos con el nombre de pilastras estípites.

En la primera columna derecha, de las cuatro que sostienen la cúpula, se encuentra el púlpito de madera con forma pentagonal y de adornos sencillos, cuyo acceso se encuentra en la parte oriente del brazo derecho de la capilla.

En la parte superior de estas columnas se encuentra un medallón diferente en cada columna, con simbolismos bíblicos: Las Tablas de la Ley o Decálogo, base de la religión judeo-cristiana; el Arca de la Alianza, custodia y receptora de las Tablas de la Ley; el cáliz con la hostia, momento clímax de la eucaristía, y finalmente el instrumental de la pasión: la cruz, los clavos, el flagelo, la lanza y la esponja.

En la cúpula de forma circular se encuentran ocho ventanas separadas por ocho pequeñas columnas estípites, y al centro un medallón que, al igual que las pequeñas columnas, se encuentra ricamente adornado con motivos vegetales.

En el presbiterio se alza el altar de estilo neoclásico, quizá construido a principios del siglo XIX en sustitución de uno barroco. En el altar se encuentra la Virgen vasca de Aranzazú, copia fiel de la que se venera en Guipúzcoa, España, la cual fue obsequiada al Museo por la Sociedad Vascongada de Amigos del País.

Atrás del presbiterio se encuentra el ventanal que asoma a la Plaza de Aranzazú, el cual se ha convertido en uno de los símbolos más representativos de la ciudad de San Luis Potosí.

En el brazo izquierdo del crucero en la capilla se localiza la puerta de acceso a la sacristía, donde se encuentra el aguamanil labrado en cantera, en el cual los sacerdotes se lavaban las manos antes de celebrar la eucaristía.

Como parte de las labores de reestructuración, Gutiérrez Cantú destacó la ampliación de la Biblioteca "Manuel Muro" —que resguarda, entre otras colecciones, la del historiador y periodista liberal potosino— y de la fototeca, creada hace cuatro años.