El centro cultural, a lo largo de 33 años, se ha caracterizado por un trabajo ininterrumpido. Desde su fundación en el año de 1984 se  ha motivado a varias generaciones locales, regionales y a la población de México y aun del extranjero a reconocer la importancia de la conservación y promoción de los patrimonios arqueológicos e históricos de la región de los Altos de Chiapas.

La tradición expositiva da cuenta precisamente de los procesos prehispánicos que se desarrollaron en el valle de Jovel.[1] De manera significativa destacan en el acervo del Museo de los Altos de Chiapas objetos prehispánicos que provienen del sitio del cerro Ecatepec, como un extraordinario vaso ritual con epigrafía maya único en su género: en su “lectura”, según los arqueólogos, se distinguen dos personajes femeninos que muestran la ocasional posición gobernante de la mujer en el mundo prehispánico.

El cuerpo arquitectónico que conforma el Ex Convento se caracteriza por una pequeña capilla reforzada estructuralmente por contrafuertes, techada por bóveda de cañón y, en el presbiterio, cubierta por una cúpula de platillo con lucarnas o tragaluces y cupulín. En tres de sus lados presenta arcos de medio punto con grandes ventanales. Dichos arcos se asemejan a la arquería que sostiene un balcón frontal.[2]

Uno de los primeros custodios del edificio del Museo de los Altos de Chiapas, Ex Convento de Santo Domingo de Guzmán, fue el señor Othón Gallegos López, quien nos recuerda que, entre 1979 y 1982, la dirección del Centro INAH Chiapas estuvo radicada en San Cristóbal de Las Casas y a cargo del arqueólogo Enrique Méndez, y que posteriormente, con la construcción del Museo Regional de Chiapas en Tuxtla Gutiérrez, se permitió que el Centro INAH Chiapas se trasladara a la capital del estado.

En 1984, Emma Cosío Villegas fue la primera directora del museo del Ex Convento de Santo Domingo en San Cristóbal de Las Casas, y quien impulsaría la creación de la primera sala de historia dedicada a la ciudad. Ella y el historiador Jan de Vos, su esposo, fueron quienes se encargaron de los primeros guiones científicos del museo. La sociedad civil local, y su “sociedad amiga del museo”, propiciaron una segunda sala permanente, que exhibía la colección textil de Chiapas del coleccionista Francesco Pellizzi, la cual fue transitoriamente retirada para su resguardo en 1996. Otro dato relevante es que, durante 1989, la Secretaría estatal de Desarrollo Urbano realizó una de las primeras intervenciones al edificio, no integral pero sí significativa.[3]

Desde hace 32 años, el Museo está dirigido por el Instituto Nacional de Antropología e Historia a través de una dirección de área y siete áreas administrativas de atención al público. El inmueble del museo está organizado en dos complejos, el complejo administrativo y el complejo de salas, que corresponde propiamente al edificio del Ex Convento de Santo Domingo de Guzmán, catalogado como monumento histórico. La organización del museo y su colección están ubicadas en la primera planta baja, y las componen un vestíbulo y tres extensas salas permanentes, segmentadas por temas: Arqueología de la región; Conquista, evangelización y elementos fundacionales de la Villa Real. Culmina sus segmentos con un espacio dedicado a la advocación de los barrios que conforman la ciudad de San Cristóbal de Las Casas. Dentro de los elementos discursivos del museo destaca el santoral dominico y de otras órdenes religiosas que evangelizaron los Altos de Chiapas. La planta baja también está dotada de una magnifica sala reservada a exhibiciones temporales, más los corredores y patio central dominicano. Como parte del conjunto destaca la capilla dedicada a fray Bartolomé de las Casas, donde se encuentra la tienda del textil, mientras que su planta alta está determinada por la colección de tejidos y un discurso del textil contemporáneo del mundo maya de los Altos y Selva de Chiapas, la Península de Yucatán y Guatemala. La extraordinaria fachada clásica barroca del templo de Santo Domingo de Guzmán debe considerarse parte del monasterio.

El Ex Convento de Santo Domingo de Guzmán, en su origen, era conocido como Convento de Ciudad Real, y fue una de las primeras sedes dominicas y  de actividad pastoral en la región de los Altos de Chiapas, de ahí que sea tan recomendable visitarlo. Fundado en 1546 en el Cerro de la Cruz –hoy conocido como barrio de El Cerrillo–, fue centro de operación cristianizadora, con actividad de noviciado y escuela. La primera piedra fue colocada por el obispo de Guatemala Francisco Marroquín en su tránsito desde la Nueva España, y la obra fue dirigida por fray Pedro de la Cruz. Para 1550 ya se habían construido una iglesia, la escuela, la cocina, los dormitorios y el refectorio, entre otros espacios que existen en piedra como mudos testigos de una estructura previa a la actual, lo que demuestra las trasformaciones en la construcción original del Ex Convento. La edificación actual data del siglo XVII. Los dominicos estuvieron en posesión del edificio hasta 1853.[4] Bien entrado el siglo XX, pasó a formar parte del patrimonio nacional que custodia el INAH.

El Instituto Nacional de Antropología e Historia, a través del Museo de los Altos de Chiapas, en San Cristóbal de Las Casas, presenta la historia de esta región durante la época prehispánica por medio de objetos encontrados durante 32 años de excavaciones y exploraciones arqueológicas. Ofrece también una mirada sobre los procesos colonizadores y de prédica religiosa en la zona, la fundación de Ciudad Real y el desarrollo de la urbe desde el siglo XVI hasta el XVIII. Al final del recorrido se muestra el papel del convento de Santo Domingo en la vida de San Cristóbal de Las Casas desde sus primeros años hasta su transformación en centro cultural y museo.

El Convento de Santo Domingo de Ciudad Real fue erigido por los frailes que llegaron con fray Bartolomé de las Casas en 1545. Las instalaciones dominicas de la provincia de San Vicente de Chiapas fueron construcciones modestas durante el siglo XVI, pero ya en el XVII los frailes, convertidos en hacendados, contaron con los recursos necesarios para edificar grandes templos y conventos.[5] Por ejemplo, la bóveda de cañón de la iglesia de Santo Domingo de Ciudad Real pertenece a esa época. Dada la importancia histórica de este recinto para la región, recientemente el INAH y el Centro INAH Chiapas reestructuraron el Museo de Los Altos, renovaron las instalaciones del recinto y pusieron al día su discurso museístico.

Los acervos aquí expuestos forman parte de la tradición arqueológica, histórica y artística local, con piezas que provienen del acervo propio del Museo de los Altos, de colecciones del Museo Regional de Chiapas de Tuxtla y de la Diócesis de Chiapas. En este recinto se percibe a San Cristóbal de Las Casas como lo que es: un importante enclave cultural del sur de México y de Chiapas.