Se extiende hacia el sur del primero, fuera de la zona urbana. Es conocido por su estructura principal, denominada Los Pájaros, posiblemente fue un templo y tiene una crestería calada con mascarones que conserva en relativo buen estado. Cronológicamente se remonta a las fases Bejuco y Chintok del periodo Clásico Tardío. No obstante, muchos de los demás grupos se distribuyen al interior y en el perímetro de la actual cabecera municipal de Calakmul. Tal es el caso del Conjunto III, donde hallamos una decena de estructuras, siete de las cuales delimitan dos plazas, una de ellas cerrada y la restante abierta por el sector sur. De acuerdo con la evidencia registrada, data del Clásico Tardío. En la actualidad se han intervenido los inmuebles de la plaza sur.
