Fue uno de los principales puertos comerciales de la costa oriental de la península de Yucatán durante el periodo Posclásico Tardío (1250-1550). La historia de Xelhá puede resumirse en dos grandes épocas. La primera se ubica en el Clásico Temprano (250-600), cuando este puerto era el más grande e importante de la zona y tenía hermosos palacios decorados con pinturas murales que recuerdan el impacto que Teotihuacán tuvo entonces en el área maya. Se cree que Xelhá funcionó como puerto del gran reino de Cobá, ubicado tierra adentro, cuya capital fue una de las ciudades más poderosas de la península.

Xelhá perdió relevancia a partir del año 600, cuando dejaron de construirse templos y palacios, pero la recuperó después del año 1200, durante el Posclásico Tardío, cuando se establecieron numerosos asentamientos costeros relacionados con un nuevo sistema socioeconómico. Nuevamente se erigieron vistosos edificios, incluso una muralla para defender la ciudad o para demarcar áreas de élite.

A la llegada de los españoles, Xelhá quedó casi abandonado. Muchos de sus habitantes murieron a causa de las nuevas enfermedades traídas por los europeos (viruela, fiebre amarilla, difteria, etcétera), y otros huyeron del dominio español. Para 1550, el sitio estaba en ruinas. Esta ciudad posiblemente corresponda al poblado que las crónicas españolas identifican como Xala, donde Francisco de Montejo fundó después el asentamiento de Salamanca de Xelhá.

El nombre del sitio proviene en maya de xel, “pedazo, entrada”, y há, “agua”, es decir, “entrada de agua”, en clara alusión a la geografía del lugar. La caleta de Xelhá es una de las más importantes de la costa de Quintana Roo, un área natural de abrigo con una abundante flora y fauna, ideal para las actividades portuarias y seguramente fue muy conocida durante la última parte de la historia prehispánica de esta región.

A lo largo del recorrido que actualmente es posible efectuar, pueden observarse magníficos ejemplos de pintura mural, en particular en el llamado Edificio de los Pájaros, elaborados entre los años 200 y 600 de nuestra era. En el Grupo Jaguar puede apreciarse un felino que da nombre al conjunto, el cual se realizó durante el Posclásico.