A este sitio se llega a través de un sendero que parte del corredor inferior del Museo Maya de Cancún. San Miguelito está compuesto por al menos cuatro conjuntos conformados principalmente por estructuras que en su tiempo sostuvieron casas de madera y palma, en las que se piensa vivieron familias extensas durante los últimos años previos a la llegada de los conquistadores españoles.

Los conjuntos más importantes del sitio están presididos por palacios con amplios espacios interiores y un vestíbulo con columnas que sostenían un techo plano, innovación arquitectónica características de los edificios construidos entre los siglos XIII y XVI en la costa oriental de Quintana Roo. Estos edificios estaban destinados a funciones públicas, pues eran recintos abiertos, se habían equipados con banquetas y se encontraban frente a un adoratorio en el que se realizaban ceremonias y celebraciones en las que participaba la población.

La estructura más importante de San Miguelito es un basamento que fue remodelado al menos tres veces durante su ocupación prehispánica, sobre el cual se preservan los restos de un templo, que en su tiempo estuvo decorado con una cornisa y pintado predominantemente en rojo y azul. El basamento tiene una escalera con alfardas, característica del periodo Posclásico, y mira hacia un conjunto de estructuras que, a partir de la orientación de la pirámide, parecen haber estado relacionadas con el cercano sitio de El Rey.

El complejo ha logrado integrar la vegetación original de San Miguelito con las áreas jardinadas del Museo Maya de Cancún, por lo que el visitante puede realizar un recorrido integral y altamente gratificante.