En el Preclásico Tardío comenzó la ocupación de Muyil, con una economía basada en su entorno diverso y en el aprovechamiento de su estratégica ubicación. Esto permitió una rápida comunicación con el mar Caribe a través de las lagunas.

Para el Clásico se registró un incremento demográfico que dio lugar a la construcción de estructuras habitacionales y de carácter cívico-religioso.

La mayor parte de los restos arquitectónicos documentados corresponden al Posclásico Temprano y al Tardío, cuando Muyil —bajo la hegemonía de Chichén Itzá, primero, y de Mayapán, después— formó parte de la red comercial costera que cobró un enorme auge en el ámbito peninsular.

Por encontrarse dentro de la Reserva de la Biosfera de Sian Ka’an, decretada con esta categoría en 1986, Muyil es ideal para conocer la flora y la fauna del área central de la península.