Kohunlich se sitúa en la selva baja, al sur del estado de Quintana Roo en el municipio de Otón Blanco, a 65 km de Chetumal. El clima de la región es tropical-húmedo y el suelo está constituido principalmente por rocas sedimentarias, destacando las rocas calizas y las de yeso.

El primero en mencionar este sitio fue el arqueólogo estadounidense Raymond Merwin, quien en 1912 lo denominó "Clarksville" en un mapa de la región que él mismo elaboró. Por su parte, el nombre Kohunlich deriva de otro apelativo en inglés con el cual se conoció a la zona arqueológica: Cohoon Ridge que quiere decir "colina de corozos" (frutos de diferentes especies de palmas). Los lugareños adaptaron la prununciación a "cojumrich" hasta que, finalmente, el arqueólogo Víctor Segovia la llamó Kohunlich, dotando al nombre de un sonido más acorde a la fonética maya.

La exploración de la zona arqueológica inició en 1968, cuando Ignacio Ek Dzul, campesino oriundo de la población Francisco Villa, denunció el saqueo de la zona y dio noticia de la existencia de una estructura prehispánica con mascarones al gobernador del entonces territorio de Quintana Roo, Javier Rojo Gómez, quien hizo los arreglos necesarios para iniciar su rescate y exploración. En 1969, el arqueólogo Víctor Segovia Pinto inició los trabajos de reconocimiento en el Templo de los Mascarones; y en 1972, el INAH tomó posesión formal y custodia de la zona arqueológica. La restauración continuó durante las décadas de los setentas y ochentas, pero fue hasta los noventas cuando el arqueólogo Enrique Nalda tomó la dirección del proyecto. Tras largas temporadas de trabajo, Nalda logró liberar la mayor parte de los conjuntos arquitectónicos que hoy conforman el extenso sitio arqueológico.

Durante la época prehispánica, Kohunlich mantuvo una ocupación continua desde el año 500 a.C. hasta el 1100 d.C; aproximadamente. Experimentó al menos dos altibajos demográficos: el primero, a mediados del Clásico, del que se recuperó; y el segundo, después del año 1000 d. C., que culminó con su abandono total.

El sitio arqueológico es un enorme asentamiento, conformado por una serie de complejos arquitectónicos de carácter ceremonial y residencial, algunos de los cuales pudieron funcionar como barrios o agrupamientos familiares de la élite.

Sus edificios muestran diversas etapas constructivas y estilos arquitectónicos. Los más tempranos se pueden asociar a un estilo de la región del Petén; no obstante, en el Clásico Tardío desarrolló un estilo propio conocido como "estilo Pixa'an" debido al complejo habitacional del mismo nombre donde se encuentra su ejemplo más acabado. Dicho estilo se caracteriza por sus muros lisos de piedra colocada "a hueso" -es decir, sin mortero-, molduras que enmarcan grupos de columnillas, jambas redondeadas en el acceso principal, columnas embebidas o empotradas, y nichos en las fachadas. Este tipo de arquitectura también se encuentra en edificios de la Plaza de las Estelas y de la Acrópolis.

Aunque se desconocen los motivos que provocaron el declive de Kohunlich, es probable que la diversificación étnica derivada de la llegada de grupos numerosos de migrantes durante el Clásico Tardío, y la posible constitución de entidades políticas autónomas, hayan sido la causa fundamental del desmembramiento de la zona, así como el debilitamiento del grupo que ejercía el poder.