Los investigadores han detectado que El Meco estuvo habitado posiblemente desde el siglo III, en principio como un pequeño asentamiento de pescadores que más tarde fue abandonado, para ocuparse de nuevo en el siglo XI. En esa época, la costa de Quintana Roo recibió una considerable población, tal vez procedente de los grandes sitios del interior de la península.

Los habitantes posclásicos aprovecharon la ubicación estratégica de este lugar y lo convirtieron en una próspera ciudad. Esto generó un significativo crecimiento poblacional y propició su fortalecimiento como centro económico y posiblemente religioso, asociado a los rituales que se realizaban en Isla Mujeres, separada por el Caribe y que se localiza justo frente al sitio.

Los estudios de bioantropología realizados por Allan Ortega a partir de las colecciones esqueléticas que se recuperaron a lo largo de varios años, durante las excavaciones efectuadas por Luis Leira, Elia Trejo y Enrique Terrones, muestran que la población de El Meco era muy homogénea y básicamente local. Sus habitantes estaban bien alimentados y, en comparación con las poblaciones contemporáneas de otros sitios de la costa oriental de Quintana Roo, tenían buenas condiciones de salud, probablemente debido a la gran variedad de recursos marinos que tenían a su disposición.

Actualmente es posible visitar el sector principal del sitio, que incluye la plaza cívica y ceremonial, presidida por El Castillo. A ambos lados se conservan dos pequeñas construcciones posteriores, que pueden haber funcionado como adoratorios o templos menores.

Al igual que en otros sitios de estilo similar, en este conjunto pueden apreciarse edificios con columnatas que sostenían techos planos y que, dadas sus dimensiones, probablemente estaban habilitados como áreas administrativas en las que los funcionarios atendían las diversas necesidades de la población. En algunos casos, estos edificios aparecen acompañados de pequeños templos, destinados a ceremonias cotidianas.

Uno de estos templos, que cierra la plaza por su lado norte, es especialmente notable por la presencia de un hermoso árbol de copó (higuera), que creció desde el espacio interior de la estructura y le confiere un aspecto muy peculiar. La plaza principal de El Meco presenta un pequeño adoratorio al centro, donde se colocaban ofrendas durante las ceremonias y danzas.

La carretera que comunica Cancún con las poblaciones al norte de este centro turístico, construida en los años setenta del siglo pasado, segmentó en dos el sitio arqueológico, quedando en un sector el área civil y pública que aquí se menciona, en tanto que el muelle y las estructuras residenciales, ubicadas cerca de la playa, quedaron en otro sector que aún está pendiente de exploración, motivo por el cual permanece cerrado a los visitantes.