Hacia el 250 se realizó la traza urbana que se observa en sus estructuras. Toda la urbe se extendía sobre unas 70 hectáreas, y siguió habitada y activa durante cinco siglos. Templos, edificios de orden cívico-ceremonial, unidades habitacionales y estelas muestran una amalgama de los estilos Petén, Río Bec y Chenes.

El área más importante de Chacchoben es la Acrópolis, se trata de un basamento de forma semicuadrada de 114 x 108m con una altura entre 8 y 13m, en la parte superior se encuentran cinco basamentos cuadrangulares y dos pirámides.

El edificio 1 tiene unas dimensiones de 3m por lado y 20m de altura, se encuentra orientado al oeste y consta de tres etapas constructivas que van desde el Clásico Temprano hasta el Posclásico Tardío. Se compone de seis cuerpos escalonados con dos edificaciones, tiene una escalinata central de 11m de ancho y una plataforma que circunscribe la base del edificio.

El edificio 2 es una construcción rectangular de 8m de alto con 3 cuerpos escalonados, tiene una escalinata de 4.82m con alfardas, un pequeño templo de planta rectangular y un bajo altar.

Otras construcciones importantes de Chacchoben son el Templo adosado y el conjunto Las vías. El Templo adosado se encuentra cimentado sobre una plataforma cuadrangular de 11m de lado, con un eje que va de este a oeste, la fachada se encuentra orientada al poniente y el acceso se realizaba por una escalinata de 9 peldaños. El Templo tiene cuatro puertas distribuidas en los cuatro muros; la puerta oriente fue clausurada después de su construcción mientras que las norte y sur no sirven para acceder al lugar.  Por su parte, el conjunto de Las vías se compone por tres hileras de bajas plataformas de mampostería, distribuidas de forma paralela.

La enorme colección de fragmentos de incensarios procedentes de este sitio pone de manifiesto la importancia que tuvo para los habitantes de la región, pues incluso después de su virtual abandono, entre el 1200 y 1450, resurgió como un lugar de veneración y peregrinaje.

En 1994 el INAH comenzó a explorar el sitio, y desde entonces se han efectuado intervenciones y consolidaciones en el Gran basamento, el conjunto de Las vías y el Grupo II, en el que se encuentra la construcción más alta del lugar. El estilo constructivo de los edificios hasta ahora explorados presenta gran similitud con sitios en Guatemala y el norte de Belice. Corresponde a lo que arquitectónicamente hablando se ha denominado estilo Petén, el cual se caracteriza principalmente por la presencia de esquinas redondeadas o remetidas de los paños, paramentos con zócalo, entrecalle y talud en delantal, ornamentados en ocasiones por grandes figuras realizadas en estuco a manera de mascarones colocados directamente sobre las piedras careadas y que flanquean escalinatas, las cuales datan etapas más tempranas.