Huamelulpan se distingue por su arquitectura y escultura monumental, así como por sus inscripciones calendáricas. Su ocupación ha sido dividida en tres periodos: Huamelulpan I, de 400 a 100 a. C.; Huamelulpan II, de 100 a. C. a 200, en el cual tuvo una gran expansión demográfica, y Huamelulpan III, de 200 a 600, periodo en el que su tamaño disminuye pero continúa la construcción de edificios. La ciudad fue construida sobre un sistema loma-cerro con terrazas en las laderas de la elevación natural ya mencionada. Estaba organizada en conjuntos arquitectónicos monumentales separados en tres núcleos principales y dos secundarios. El sitio se divide en cinco áreas de arquitectura: Grupo del Cerro Volado, del Panteón, Iglesia Vieja, Poniente de la Iglesia y Grupo de la Iglesia. Debido al predominio de varios cerros y lomas que rodean el entorno, las diversas construcciones se adaptaron a este tipo de terreno, construyéndose un sistema de terrazas de casas sencillas con cimientos de piedra donde habitó la población común, en otros casos las áreas públicas y ceremoniales se distinguen por contar con grandes plataformas de piedra desplantadas de forma escalonada delimitando espacios abiertos. En la parte baja se halla el juego de pelota edificio relacionado con un ritual que por lo regular culminaba con el sacrificio humano. En el grupo al Poniente de la Iglesia en la ladera sur se hallan enormes plataformas cuyas esquinas se reforzaron con bloques de piedra rectangulares con un peso de varias toneladas y donde hay grabados con signos calendáricos muy similares al sistema de escritura zapoteco que se observa en Monte Albán.