Guiengola se ubica en el cerro homónimo. Por el lado oriente de esta elevación de roca caliza y abundantes cuevas corre el cauce del río Grande Tehuantepec hacia el golfo del mismo nombre.

Según las fuentes del siglo XVII, los zapotecos de este asentamiento, aliados con los mixtecos, defendieron el territorio istmeño del avance imperialista mexica hacia la región del Soconusco en Chiapas. Y es que la región del Istmo era controlada desde los Valles Centrales por los zapotecos, quienes aprovechaban sus múltiples recursos naturales. Los mexicas fueron derrotados y tuvieron que concertar una alianza matrimonial.

Se dice que este sitio se construyó ex profeso como bastión de guerra. Su situación estratégica lo hacía inexpugnable. Era un baluarte impenetrable, con una bien planeada construcción y un adecuado aprovechamiento del terreno. Era, en suma, un lugar fortificado, con murallas defensivas de 3 a 5 m de alto y 2 m de espesor, que se alternaban a distintos niveles de ascenso del cerro. Estas piedras de río están colocadas a intervalos regulares a lo largo del enorme muro defensivo que rodea una parte de la colina. Entre otros ejemplos de infraestructura militar y probables almacenes de alimentos existen restos de pocos accesos controlados y difíciles, así como de puestos de vigilancia.

Este asentamiento cívico-ceremonial fortificado del Posclásico fue descrito por fray Francisco de Burgoa en su obra Geográfica descripción. Entre los primeros visitantes se encuentran Guillaume Dupaix, Charles Brasseur de Bourbourg, Teobert Maler y Eduard Seler.

Fue hasta los años cincuentas del siglo XX que comenzó la investigación arqueológica formal. James Forster (1955) obtuvo colecciones de cerámica y figurillas de Guiengola y de sitios cercanos a Juchitán, Tlacotepec y la Mixtequilla, e hizo aportaciones estilísticas de estos artefactos con lo hallado en otras regiones de Mesoamérica. El arqueólogo David Peterson (1972) publicó un primer trabajo de una serie de escritos sobre la zona. Su libro más importante, realizado en coautoría con Thomas MacDougall (1974), es resultado de varios mapeos, mismos que produjeron las representaciones gráficas en plano de las estructuras principales. En esta obra, Peterson consigna estructuras un tanto desconocidas y menciona, entre otras cosas, las técnicas constructivas y los saqueos.

Martín Cendrero publicó su tesis de licenciatura sobre este sitio, la única hasta la fecha (ENAH, 1986). El autor no excavó, pero sí registró los materiales de superficie in situ y recorrió toda la montaña. Años después, en 1997, Roberto Zárate hizo ese recorrido para un estudio enfocado en las manifestaciones rupestres, luego de lo cual reportó muchos abrigos con pintura de este tipo, además de dar cuenta del daño que presentan algunas de dichas manifestaciones.