El sitio Bocana del Río Copalita se localiza a 10 km al oeste de Santa Cruz Huatulco, en el distrito de San Pedro Pochutla, Oaxaca. Consiste en un área nuclear de 36 hectáreas divididas en una zona de montaña baja o de lomeríos, donde se funda el primer asentamiento prehispánico, y otra más de aluvión en la que se registra la principal etapa de expansión y monumentalidad.

Las investigaciones arqueológicas en el lugar comienzan en 1998, al proponer estrategias de protección y conservación del sitio. Actualmente el Proyecto de Investigación y Conservación del Sitio Arqueológico Bocana del Río Copalita, Huatulco, Oaxaca, concluyó nueve temporadas de investigación arqueológica de campo y gabinete.

En cuanto a la vida en Copalita, se calcula que desde el Preclásico Tardío (400 a.C. a 200) la Bocana del Río Copalita ya se consideraba un asentamiento sólido, donde la población ocupaba la mayor parte de las elevaciones naturales que colindan con el mar y la desembocadura del río Copalita. Posteriormente entre el Preclásico Tardío e inicios del Clásico Temprano, los copaliteños formaban una sociedad en vías de adquirir una estructura social, religiosa y política, que más tarde se manifestaría con mayor complejidad en la zona baja del sitio.

Aproximadamente a finales del Clásico Temprano (año 600) el sitio ya contaba con una plaza rodeada de varios edificios y un Juego de Pelota. Copalita tuvo un crecimiento cimentado en su caracterización como un centro cívico-ceremonial semejante a otras ciudades mesoamericanas importantes.

La etapa de ocupación antes mencionada se extiende al Clásico Medio Tardío y finalmente en el Posclásico se evidencia el declive y abandono del lugar.

En el asentamiento principal se encuentran las estructuras cívico-ceremoniales y la mayor concentración de terrazas habitacionales, alcanza aproximadamente 36 hectáreas. Las exploraciones en el sitio se han concentrado en algunas de las estructuras, por lo que existen otras que no han sido liberadas y sobre las que aún se desconocen sus características arquitectónicas.

Sin embargo, se distingue cierta traza que sugiere un espacio cívico ceremonial de considerables dimensiones que conjuga una serie de templos, residencias para la elite, un juego de pelota así como terrazas y unidades habitacionales. Cabe destacar que todo ello muestra diferentes etapas de construcción y distintos periodos de ocupación, por lo que se trata de un recuento de los componentes arquitectónicos existentes dentro del polígono de delimitación del sitio.

En la zona de aluvión, se encuentran cinco edificios cívico-ceremoniales. La Acrópolis indica la delimitación de una plaza presumiblemente abierta hacia el oeste mientras que al norte se ubica la Estructura III (panteón) y al sur la Estructura I, ambos basamentos aún sin intervención, sin embargo representan el patrón mesoamericano de espacios de carácter ceremonial asociados con la función del Juego de Pelota, este último ubicado al suroeste de esta área.

El 5 de octubre de 2010 se inauguró el Museo de sitio y la apertura parcial al público del sitio arqueológico de Copalita.