Con el colapso de las ciudades toltecas y la contracción de las fronteras mesoamericanas, múltiples poblaciones se vieron obligadas a migrar. Como parte de este proceso, grupos nahuas irrumpieron en el Altiplano Central. Entre 1200 y 1220, los xochimilcas ocuparon la parte sur de la cuenca de México y la parte norte de Morelos, fundando u ocupando los pueblos de Tepoztlán, Totolapan, Tlayacapan, Ocuituco, Tetela y Hueyapan, entre otros. Tepoztlán fue el señorío de este valle y sometió no sólo a los pueblos antes mencionados, sino a Tepecuytlapilco (San Juan Tlacotenco), Cacatepletac (Santa Catarina), Acacueyacan (San Andrés de la Cal), Xocotitlán (Santo Domingo), Amatlán y Santiago Tepetlapan. Limitaba al norte con Xochimilco, al sur con Yauhtepec y Xihutepec, al oeste con Cuaunáhuac y al este con Tlayacapan.

El sistema constructivo utilizado por los pobladores de Tepoztlán consistía en un proceso de nivelación por medio de terrazas, sobre las cuales se levantaron desde las unidades habitacionales hasta las grandes plataformas monumentales donde se encontraban los templos. Finalmente, las áreas planas del terreno se reservaron para la agricultura.

Los vestigios que se encuentran en la cima del peñón corresponden a un área que los antiguos tepoztecos consideraban entre las más sagradas, por lo que en ese lugar erigieron el santuario a Tepoztécatl, su dios. Esta construcción fue tan importante que, según algunas evidencias, hasta ahí llegaron personas procedentes de Guatemala.

En el interior del santuario debió vivir el “hombre-dios”, una persona que, por determinadas características, se consideraba portadora de la esencia del dios y era, por tanto, su manifestación en el plano humano. Muy probablemente, este insigne personaje bajaba algunas veces al año para unirse a las fiestas más solemnes de la población. El resto de los residentes debieron ocupar el santuario de manera intermitente, sirviendo como parte del tributo que se entregaba al señorío de Tepoztlán. A ellos se sumaban las veintenas o trecenas de integrantes de la guardia, más los encargadas del servicio, que eran relevados por personas de otros calpulli o de los pueblos bajo el dominio de Tepoztlán.