La extensión donde se estableció la zona arqueológica ha sido invadida por la mancha urbana. Lo que se conserva es parte del área ceremonial de la ocupación teotihuacana, integrada por seis montículos. Los cuatro explorados forman dos plazas, denominadas A y B.

La altura y las características arquitectónicas de estas estructuras piramidales fueron destruidas por ocupaciones posteriores a su apogeo y por el uso agrícola. La única evidencia que se conserva de esa arquitectura es parte del tablero integrado al talud en la Estructura 3 y en el altar de la Plaza B, así como fragmentos de estuco.

El agua fue fundamental para el desarrollo material e ideológico de Las Pilas. Los dos sistemas de captación fueron alimentados por diversos manantiales que afloraban en esa área. Junto a dichos sistemas se levantaron las primeras plataformas que dieron origen al centro ceremonial y sirvieron de base para las construcciones posteriores, enriquecidas por las nuevas ideas que llegaron con la expansión teotihuacana. Sin embargo, el hallazgo de una ofrenda en el inicio del canal del primer sistema, compuesta por dos vasijas del Preclásico —similares a las de Chalcatzingo—, modifican temporalmente la ocupación de Las Pilas.

El segundo sistema es el más completo y mejor conservado. Está compuesto por canales largos, que salen de las Estructuras 3 y 2, más otros cortos, que confluían en esta última. Construidos con piedra de río y cubiertos con losas, conducían el agua a una caja de sedimentación localizada en el centro de la plaza, de la que salía otro canal hacia un depósito.

Cuando este último sistema entró en desuso, se convirtió en área de enterramientos de personas con un rango social privilegiado. Los cuerpos fueron colocados dentro o al lado de los canales, con las piernas en posición de “flor de loto” y con abundantes ofrendas. De éstas sobresale una vasija con la efigie de Tláloc y unas pequeñas figuras en forma de cono con cabezas zoomorfas o fantásticas, identificados como “tepictoton” o conitos. Estos objetos, que se exhiben actualmente en el Museo Cuauhnáhuac de Cuernavaca, fueron mencionados por fray Bernandino de Sahagún como representación de los cerros donde se forman los nublados. Las tres personas de mayor rango fueron depositadas en una tumba casi en el centro de la plaza. Lo más destacado de su ofrenda fue un dije con la representación de Tláloc, así como collares de cuentas y orejeras con cuentas colgantes, hechos con piedra verde-azulosa.

Hacia 650 d.C., el centro ceremonial entró en decadencia porque Teotihuacán, su centro rector, perdió poder. Posteriormente se convirtió en área habitacional permanente o temporal de diversos grupos. En fuentes del siglo XVI se menciona a Jonacatepec como tributario de los mexicas y, posteriormente, como cabecera de la agrupación de pueblos Tlalnahua.

Durante la Colonia formó parte del marquesado de Hernán Cortés, de modo que su importancia se redujo a centro de evangelización y escala dentro de la ruta de las órdenes mendicantes en su paso hacia Guerrero y Oaxaca. Tiempo después, Jonacatepec formó parte de las haciendas azucareras de Chicomocelo y Santa Clara Montefalco, hasta que en 1926, por decreto presidencial, se empezaron a restituir las tierras de regadío y de temporal.