El sitio tuvo una ubicación privilegiada, ya que se encontraba cerca de una gran laguna, así como de los ríos y arroyos que descendían de la zona montañosa localizada al oeste de la ciudad. En la zona de Mixcoac se pueden observar varias edificaciones, entre las que destaca el basamento o pirámide principal, su patio central que tiene al norte una plataforma de planta rectangular con evidencias de un piso de estuco; además, hay muros de cuartos y de otras construcciones. El sitio fue identificado y descrito por primera vez en 1916 por el historiador Francisco Fernández del Castillo, quien lo nombró Mixcoac al encontrar dicho topónimo en el Mapa de Uppsala o de Santa Cruz elaborado en 1550. Posteriormente, y derivado de acciones de protección para evitar el saqueo del sitio, Manuel Gamio encomienda al arqueólogo Eduardo Noguera la excavación arqueológica para rescatar e interpretar el sitio en 1920.

Los materiales provenientes de las excavaciones realizadas por Noguera, y en los alrededores en el presente siglo, indican que el lugar tuvo una larga ocupación humana, destacando la evidencia arqueológica de época teotihuacana (fases Xolalpan y Metepec, 450 al 600 d.C.) recuperada en la construcción de la estación del metro San Antonio. Durante el Posclásico (900 – 1521 d.C.) el sitio alcanzó su apogeo. En la región se ampliaron los basamentos, así como las áreas administrativas y habitacionales.

En la actualidad solo se conserva una pequeña parte del área administrativa y ceremonial del sitio, el cual presenta periodos constructivos identificables en la evidencia arqueológica. Las edificaciones fueron restauradas parcialmente y hoy en día se pueden visitar las siguientes: la pirámide dedicada al dios Mixcoatl; la plataforma oriente y sus edificios anexos; el patio central y su entorno: y la  plataforma poniente y su plaza ceremonial.