Ubicado en la región suroeste del Estado de México, este sitio es el único de la zona que se ha sometido a una exploración intensiva. Gracias a ello, hoy se conocen importantes aspectos de un área que había permanecido prácticamente sin estudiarse.

La primera etapa de ocupación de San Miguel Ixtapan corresponde al periodo Clásico (450 a 750), en tanto que la segunda tuvo lugar en el periodo Epiclásico (750-900). En esta etapa, el sitio tuvo su mayor auge; fue entonces cuando se edificaron los principales monumentos. Posteriormente, hacia el Posclásico Temprano (900-1200), los edificios fueron reutilizados, para lo cual se hicieron importantes modificaciones arquitectónicas, consistentes en adosamientos y ampliaciones. Entre 100 y 150 años después (1200-1521), los mexicas lo reocuparon parcialmente, construyendo sobre el derrumbe de las estructuras anteriores.

Durante las primeras exploraciones, realizadas en 1985-1986 por personal del Centro Regional INAH en el Estado de México, se rescató la Maqueta Prehispánica, afloramiento de roca basáltica sobre la cual los antiguos habitantes labraron un complejo centro ceremonial.

Dada la evidente importancia del sitio, el entonces Instituto Mexiquense de Cultura (hoy Secretaría de Cultura) planteó en 1990 un proyecto de mayores dimensiones. Esto incluyó la compra del terreno, así como la adecuada protección de la Maqueta y una mayor excavación para poner al descubierto el resto de las estructuras que eran detectables desde la superficie.

Como resultado de varias temporadas de trabajo se recuperó una gran cantidad de piezas de excepcional importancia y calidad artística. Asimismo, se llevó a cabo la liberación, consolidación y restauración de las estructuras que conforman el asentamiento. Destacan el Juego de Pelota, la Plataforma 1, los Montículos Uno y Dos, el Patio Hundido y el Recinto Abovedado.

Todas las piezas recuperadas durante las exploraciones se exhiben en el museo de sitio, inaugurado en marzo de 1995.