El Museo y Archivo Histórico Casa de Morelos (AHCMO) resguarda desde 1932 gran parte de los documentos generados por la administración eclesiástica del antiguo obispado de Michoacán; este acervo se complementa con la documentación que actualmente halla en el Archivo Histórico de la Catedral de Morelia. El Archivo Histórico Casa de Morelos se integra por dos grandes fondos: uno eclesiástico, relativo a la curia y secretaría de los obispos, y otro civil, con información de los gobiernos estatal y municipal. Posee además un fondo conventual compuesto por 1,507 libros. Cronológicamente, la documentación abarca de los siglos XVII al XX.

Las fuentes bibliográficas consignan en 1860 una primera confiscación de los documentos eclesiásticos por parte del gobierno civil a la Catedral de Morelia, y una segunda entre 1914 y 1917, por lo que durante algunos años la documentación fue resguardada en varios edificios de la ciudad de Morelia, entre ellos el Museo Michoacano. En 1932, el entonces secretario de Educación, Narciso Bassols, solicitó al gobierno michoacano la búsqueda de un espacio adecuado donde se pudiera resguardar, catalogar y poner a la consulta pública los documentos. El lugar elegido fue la Casa de Morelos, y el traslado definitivo del acervo se consumó ese mismo año.

Con la creación del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), en 1939, los fondos quedaron bajo su resguardo, al igual que el museo, y comenzaron los trabajos de ordenación y clasificación del archivo. Entre 1990 y 1994 se desarrolló un nuevo proyecto para clasificar el Archivo Histórico Casa de Morelos, bajo la dirección de la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia, por consiguiente los antiguos legajos quedaron organizados en tres grandes fondos: Diocesano, Cabildo y Parroquial, cada uno de ellos subdividido en secciones, series y subseries.

En 2010, con motivo de la conmemoración del Bicentenario de la Independencia de México, el Archivo Histórico Casa de Morelos fue dotado de nueva infraestructura archivística: se instaló un sistema de almacenaje de alta densidad. Asimismo, a través del INAH se ejecutó un proyecto integral de restauración del edificio, el cual se acompañó con una nueva museografía, basada en un guion científico actualizado, e incorporando nuevos y modernos recursos museográficos, así como bienes culturales de gran riqueza artística e histórica. También es importante señalar las dos etapas de digitalización de los documentos, efectuadas en el segundo semestre de 2012 y de 2014, gracias a lo cual ahora es posible consultar digitalmente la documentación del siglo XVII y una parte del siglo XVIII.

El edificio que ahora alberga el Museo y Archivo Histórico Casa de Morelos fue construido en dos etapas; la planta baja se concluyó en 1758. En los registros notariales de la ciudad de Valladolid, hoy Morelia, se menciona que en 1774 el Juzgado de Testamentos adjudicó la propiedad al señor Anastasio Martínez, quien la heredó a su hijo, Juan José. En agosto de 1801, el entonces cura del pueblo de Carácuaro, José María Teclo Morelos y Pavón, adquirió el inmueble, al cual le hizo algunas modificaciones, como la construcción de la segunda planta.

La casa fue habitada por Antonia Morelos —hermana del clérigo vallisoletano— y su esposo Miguel Cervantes, quienes además alquilaban algunas accesorias ubicadas en la planta baja del edificio. En mayo de 1810, José María Morelos hipotecó la casa por la cantidad de 1,000 pesos para cubrir una deuda, y en marzo de 1811, ya en plena Guerra de Independencia, el jefe político de la intendencia de Valladolid de Michoacán, Torcuato Trujillo, confiscó la casa del cura insurgente y ordenó su destrucción parcial.

En 1822, una vez terminada la guerra, el gobierno independiente reconoció los derechos sobre la casa de Antonia y Nicolás Morelos, hermanos de don José María, quienes de inmediato emprendieron algunos trabajos de reconstrucción. A la muerte de Antonia Morelos, en 1830, el edificio pasó a manos de su hija Teresa y de su esposo Nicolás Pérez Dueñas, quienes junto con sus hijos Vicente, Guadalupe y Francisco de Paula, se hicieron cargo del cuidado y mantenimiento del inmueble. Este último personaje se casó con Mariana Aguilar en 1867, con la cual procreó tres hijos, Nicolás, Concepción y Catalina, en quienes recayó posteriormente la responsabilidad de cuidar la casa de su ilustre antepasado.

En 1910, en el contexto de los preparativos para la celebración del Centenario del inicio de la guerra insurgente, el presidente Porfirio Díaz giró instrucciones para adquirir la Casa de Morelos a nombre del gobierno federal, con el objetivo de formar el Museo de la Independencia; dicha compraventa se hizo efectiva el 25 de junio de 1910. No obstante, la casa continuó bajo la custodia de la familia Pérez Morelos, y como ejemplo se puede mencionar que en 1921, para conmemorar el Centenario de la Consumación de la Independencia Nacional, Nicolás Pérez Morelos formó una Junta Patriótica para organizar los festejos y montar una exposición. Por estas y otras acciones en pro de la difusión de la memoria histórica nacional, en 1923 se reconoció la labor cívica de Nicolás Pérez, quien fue nombrado “Guardián de la Casa de Morelos”. A la muerte de Nicolás, en 1930, el cargo honorífico lo asumió su hermana Catalina, la cual falleció cuatro años después, dejando en manos de Concepción Pérez Morelos la responsabilidad de custodiar la Casa de Morelos, tarea que cumplió hasta su muerte ocurrida en 1949.

La Casa de Morelos ha sufrido varias intervenciones arquitectónicas a lo largo de su historia, desde la adición de la segunda planta, ordenada don José María Morelos en 1809, pasando por otras modificaciones hechas al inmueble por los descendientes del héroe insurgente entre 1838 y 1840, aunque una de las restauraciones más importantes, por sus alcances, fue la realizada en 1934 por parte de la Dirección de Monumentos Coloniales y de la República. Entre otros resultados, se editó una obra clásica: Morelos. Su casa y su casta en Valladolid (Morelia), publicada en 1947.

En cuanto al Museo Casa de Morelos, consta de nueve salas de exposición permanente y dos ambientaciones que permiten al visitante adentrarse en el tema de la fundación del obispado de Michoacán y de la ciudad de Valladolid, así como algunos aspectos de la vida cotidiana en el último tercio del siglo XVIII. También conocerá la historia de la casa y de sus habitantes, la biografía de don José María Morelos y el periodo de la Ilustración en la Nueva España, específicamente en Valladolid. En la planta alta, las salas abordan el periodo de 1808 a 1815, es decir, desde el inicio del proceso de independencia, hasta la aprehensión y fusilamiento de Morelos el 22 de diciembre de 1815. En el patio principal hay dos carruajes que se han convertido en emblemas de este recinto, y en el corredor oriente del edificio se ubica una pequeña cocina tradicional.