Epazoyucan, cuyo nombre significa “donde abunda el epazote”, fue una importante población donde convivían grupos indígenas de origen chichimeca y nahua. Diversas tribus ejercieron su influencia sobre este territorio, siendo los mexicas del señorío de Texcoco los que detentaban la hegemonía a la llegada de los españoles.

Se atribuye la construcción del convento a los frailes de la orden de San Agustín hacia el año de 1540, cuando pudo haberse edificado una primera etapa conformada por el atrio, la capilla abierta y las capillas posas. El cronista Fray Juan de Grijalva escribió que “la gente era tanta que se edificó casa e iglesia en siete meses y días”. La segunda etapa de la construcción fue determinada por la necesidad de nivelar el terreno en donde actualmente se erige el convento de forma elevada, pues, según las fuentes, la nave de la iglesia y las habitaciones del convento no se concluyeron sino hasta alrededor de 1563. Se utilizaron restos del asentamiento prehispánico, cuyos vestigios aún se advierten en las excavaciones arqueológicas localizadas en el extremo sur del templo.

El conjunto arquitectónico y los motivos artísticos que lo decoran reflejan la fusión de los conocimientos sobre construcción que tuvieron los religiosos como fray Lorenzo de San Nicolás, así como de la presencia indígena que fungió como mano de obra.

Algunos elementos del ex convento, como el atrio, el templo, la capilla abierta y las capillas posas, reflejan las necesidades de los primeros momentos de la evangelización, cuando los naturales se congregaban al exterior para la impartición de la misa, así como la posterior articulación del recinto cerrado. En el interior del templo, la techumbre es un alfarje del siglo XVI cuyas vigas tienen 12.50 metros, y una de ellas está labrada con representaciones de querubines y motivos florales. Aún se conserva la torre campanario en la esquina norponiente del templo con vanos en sus cuatro lados y torrecillas.

El claustro del convento presenta un cuidadoso tratamiento arquitectónico con columnas de piedra tallada y decoraciones en relieve. Se nota una profusión de elementos decorativos que revelan el sincretismo cultural y religioso de la cultura indígena y la hispánica, pero que además son una muestra de calidad artística excepcional por el extraordinario trabajo de tallado. Al interior del ex convento, se conservan extraordinarias pinturas murales policromadas con escenas de la Última Cena, la Pasión y el Tránsito de la Virgen. También es interesante la presencia de esgrafiados antiguos realizados sobre la cal formando líneas y trazos en distintas partes del convento con motivos de aves, flores, estrellas, cruces, figuras geométricas. 

Conocido también como Museo Comunitario de Tomazquitla, alberga una colección total de 1,700 piezas prehispánicas y virreinales, muchas de ellas exhibidas en 14 vitrinas y un nicho, a lo largo de dos salas: La Cihuatecólotl (mujer tecolote) y la sala Colhúa (hombre de hombros anchos), así llamadas porque a ambos personajes se considera fundadores míticos de la localidad.

Después de un arduo trabajo de restauración, el Instituto Nacional de Antropología e Historia en Hidalgo tiene la satisfacción de reintegrar tres majestuosas pinturas al temple del siglo XVI llamadas “Tablas de Epazoyucan”, que se exhibirán de manera permanente dentro del recinto virreinal agustino de San Andrés Apóstol, en la Sala de los Retablos. Estas tres pinturas tabulares formaron parte de un solo altar, y son ejemplo de cómo se transmitía a los indígenas la vida de Jesucristo, desde su Nacimiento y la Adoración de los Reyes, hasta dos escenas de la Pasión: la Oración en el Huerto y el Ecce Homo (“he aquí al hombre” en latín).