De Guadalajara, Juárez partió hacia Colima y luego a Manzanillo; ahí se embarcó para cruzar por el estrecho de Panamá y llegar al puerto de Veracruz, en donde instaló su gobierno. Estando en dicha ciudad expidió las Leyes de Reforma, donde se estableció la separación entre la Iglesia y el Estado, el matrimonio y el registro civil, la traslación de la administración de los panteones y cementerios a la administración del Estado, y la transformación de los bienes de la Iglesia en patrimonio de la nación. El general Miguel Miramón, presidente interino por parte de la facción conservadora, intentó tomar varias veces la ciudad de Veracruz sin conseguirlo.

Este general y su gobierno fueron vencidos definitivamente el 22 de diciembre de 1860, cuando su ejército se enfrentó a la tropa comandada por el general liberal Jesús González Ortega, en un paraje cercano al pueblo de San Miguel Calpulalpan, a mitad del camino entre México y Querétaro. En dicha batalla el ejército conservador fue aniquilado. Miramón tuvo entonces que huir de la capital, y se refugió en La Habana con la ayuda de Alfonso Dubois de Saligny, encargado de la Legación Francesa de México. La entrada triunfal de Benito Juárez y las fuerzas liberales a la capital del país ocurrió casi al concluir 1860.