Poco después de la Batalla del Monte de las Cruces, Hidalgo y sus seguidores se trasladaron a Guadalajara, donde comenzaron a publicar el diario insurgente El Despertador Americano; desde allí, el cura de Dolores emitió varios decretos en los que abolió la esclavitud, eliminó los monopolios y redujo las alcabalas o impuestos menores.

Sin embargo, surgieron diferencias entre los dirigentes del movimiento (especialmente entre Hidalgo y Allende), que comenzaron a debilitar la insurgencia, y al poco tiempo dieron cabida a las derrotas (también por la mejor preparación, pertrechamiento y organización de las fuerzas realistas): los realistas retomaron Guanajuato y después, Guadalajara. En franca huida, los insurgentes se refugiaron en Zacatecas y, más tarde, se encaminaron hacia Saltillo, pero, en el trayecto, fueron sorprendidos y apresados en Acatita de Baján. Conducidos a Chihuahua, fueron juzgados y condenados a muerte. A Mariano Jiménez, a Ignacio Allende y a Juan Aldama los fusilaron el 26 de julio de 1811. Hidalgo permanecería en la celda que aún se puede visitar en el Palacio Municipal de Chihuahua hasta el día de su ejecución, el 30 de julio de 1811.