La imagen de la Virgen del Refugio llegó en 1719 a la Nueva España gracias al padre Juan José Guica que la traía en una estampa. Posteriormente la devoción se propagó de California a Guatemala. En 1757 Miguel Cabrera fue el primero en pintar a la Virgen a solicitud del capellán de un convento capuchino; desde entonces se comenzó a reproducir a lo largo y ancho del territorio novohispano. La Virgen del Refugio fue el estandarte de las misiones jesuitas en Nueva España en el momento de la expulsión de dicha orden y en 1767 los franciscanos de Propaganda Fide la adoptaron como propia. Por lo demás, tras un proceso de conservación y restauración a la obra aquí mostrada, se ha determinado que bajo las figuras de los frailes se encuentra una imagen femenina y otra masculina, probablemente se trata de los condes de Casafiel, Francisco Javier de Aristorena y Lanz y su esposa, quienes fueron benefactores muy cercanos y queridos por los franciscanos. En 1796 el Discretorio tomó la decisión de borrar a los donantes y pintar doce “venerables religiosos” que estuvieron en el Colegio, con el fin de perpetuar su memoria.