Cuando san Francisco y fray León se apartaron al Monte Alverna para ayunar y orar, el santo de Asís sintió un fuerte deseo por experimentar los dolores de la crucifixión. Un día vio bajar de lo más alto del cielo a Cristo, que descendía como serafín, con seis alas resplandecientes. Cuando la imagen se desvanecía, aparecieron en sus manos, pies y costado las heridas de la crucifixión, las cuales quedaron en su cuerpo hasta el día de su muerte, hecho milagroso al que se conoce como la estigmatización.

A la izquierda del espectador, se encuentra fray León, único testigo de este hecho que abrió tres veces el libro de los Evangelio para saber qué tenía que hacer el santo con el fin de vivir los dolores de la Pasión de Cristo. La estigmatización es la experiencia mística que algunos santos han tenido al vivir en propio cuerpo las llagas de la crucifixión de Cristo.