En el anterrefectorio, el refectorio, las salas capitulares y demás espacios del museo hay ambientaciones de la época virreinal. En el claustro grande, la capilla abierta o capilla de indios y el refectorio se aprecian pinturas murales del siglo XVI, como el Juicio Final y Santa Catalina de Alejandría, realizadas en 1560 por un autor desconocido.