El 29 de octubre de 1860, se llevó a cabo una de las batallas finales de la Guerra de Reforma, en la cual las fuerzas constitucionalistas -al mando del General Jesús González Ortega- lograron el triunfo, después de romper el sitio de la ciudad del ejército conservador. Como resultado de esta lucha, fueron destruidos los edificios monumentales con fines eclesiásticos y quedaron suprimidas todas las órdenes religiosas.