El bello jardín en la parte posterior del museo evoca con nostalgia la histórica huerta carmelita, que sin duda fue el detonante de la prosperidad del colegio, gracias a las abundantes rentas que dejaba a la orden el comercio de sus productos. Esta huerta estaba circundada por una gruesa barda de piedra volcánica del Pedregal, que protegía la soledad y clausura del colegio. Un censo de la época nos deja saber que la enorme extensión de la huerta permitió la siembra de más de 13 mil árboles frutales, entre los que figuraban perales, duraznos, manzanos y una hortaliza, además de ermitas, puentes, estanques, el río Magdalena, riachuelos, canales de irrigación y andadores que facilitaban la recolección de frutos y la recreación cotidiana de los frailes.