Dentro de las instalaciones del Museo se localiza la Biblioteca Manuel Muro inaugurada el 25 de agosto de 1951, con donaciones de personajes importantes así como de la Sociedad Mexicana de Estadística y Geografía. Con 65 años de servicio, sigue atendiendo a público muy diverso, y se están especializando acervos en las áreas que le competen al Instituto Nacional de Antropología e Historia. La Biblioteca Nacional de Antropología e Historia ha sido parte fundamental en la actualización de procesos con el establecimiento del programa Logicat para automatización de registros y servicios; la BNAH dota también de colecciones por depósito obligatorio, donaciones y compra.