Está compuesta con piezas arqueológicas, como columnas, jambas, dinteles, estelas y paneles, que proceden de cuatro regiones con características arquitectónicas diferentes que se ubican en el ámbito estatal: Petén Norte, Río Bec, Chenes y Puuc. Además, la colección se enriquece con destacadas piezas como el ajuar funerario encontrado en la Estructura VII de la Gran Plaza de Calakmul, la “banqueta” de Río Bec, la escultura en piedra del Señor Pájaro Principal procedente de Chunhuhub, el pórtico de Xcalumkín, así como el imponente mascarón del dios K'wiil, trasladado al museo desde rancho de Villamar, la máscara de estuco de Hormiguero y figuras antropomorfas de sitios como El Palmar, Santa Rosa Xtampak, Edzná, Itzimté y Kankí.