El acervo arqueológico e histórico con alrededor de 2,500 piezas provenientes de excavación en sitio, donación, repatriación, préstamos de otros museos y decomiso.

Destacan piezas únicas dentro de su colección cerámica y de ornamentos de hueso, piedra y concha.

Sólo existe una reproducción parte de una osamenta sin que se especifique al visitante.

Se exhibe el 70% del acervo en salas permanentes y el resto se encuentra en bodegas mostrándose a través de piezas del mes.