La antigua biblioteca jesuita Pedro Reales tiene alrededor de 3,500 ejemplares impresos en la Nueva España y Europa en los siglos XV, XVII, XVIII y XIX. Su temática es fundamentalmente eclesiástica. La mayoría de las obras están escritas en latín; hay además en español, griego, francés, portugués e italiano. Presentan encuadernaciones en piel y pergamino y algunas tienen cubiertas de madera. El museo resguarda también libros de coro utilizados en las ceremonias religiosas. Estos volúmenes cuentan con partituras de los más importantes maestros de capilla de la Catedral de México.