El museo tiene en sus colecciones ejemplos de mesas, sillas, bargueños y bancas, así como estuches, atriles, peanas, marcos y otros objetos de madera y materiales diversos. A través de esta colección se puede apreciar la evolución estilística del mueble en la Nueva España, pues son trabajos renacentistas, barrocos y neoclásicos.

Respecto a sus técnicas decorativas, sobresalen la laca y la taracea o marquetería. De la primera, el edificio mismo cuenta con excelentes muestras como el cancel de la Capilla del noviciado. De la segunda, se exhiben piezas novohispanas y orientales llegadas al virreinato mediante el Galeón de Manila.