Este acervo es el principal. Está relacionado con los actores sociales de la medicina tradicional, en la cual se maneja sistemas de conceptos, creencias, prácticas y recursos tanto materiales como simbólicos utilizados en la medicina tradicional mexicana. Debido a las condiciones de clima, suelo, altura y otros factores que benefician la adaptación y desarrollo de las plantas, hoy en día quedan 545 especies silvestres y cultivadas de las ± 800 taxa registradas como medicinales para el estado de Morelos. Un número considerable de la etnoflora del estado se conforma de especies sobreexplotadas del medio silvestre, algunas se encuentran en condiciones críticas en su hábitat natural por la recolección para su comercialización local y estatal.