Se considera que fueron diversas etapas constructivas las que dieron origen al actual complejo monacal, uno de los más representativos en el proceso de evangelización y de estilos arquitectonicos del temprano mundo del Virreinato.

De la construcción primigenia, que se edificó entre 1524 y 1529, sólo se puede deducir su existencia. Con el arribo de fray Juan de Alameda a Huejotzingo, comienza el traslado de las poblaciones prehispánicas desde las barrancas más cercanas al volcán Iztaccíhuatl hasta el asentamiento actual, en donde se construye el monumental conjunto arquitectónico de Huejotzingo, el cual está formado por atrio, claustro, iglesia y capillas posa.