Un museo fuera de serie por el edificio que lo aloja, el cual representa una de las mejores obras de la arquitectura del Virreinato, erigido además en un paraje de extraordinaria belleza natural.

Desde el año de 1918, el señor Rafael Villagómez Garibay había prestado sus servicios como subinspector de Monumentos Artísticos e Históricos en Yuriria, responsable del cuidado y mantenimiento del antiguo templo y el monasterio, que para entonces habían sufrido los embates del tiempo. Dada la gran importancia histórica y artística del edificio, el Ex Convento de San Agustín en Yuriria fue entregado en 1921, a través de la Oficina General de Bienes Nacionales, a la Inspección General de Monumentos Históricos y Artísticos. En 1933 fue declarado Monumento Nacional para su conservación, bajo la custodia de la entonces Dirección de Monumentos Coloniales y de la República. En 1939, con la fundación del INAH, queda el edificio bajo su cuidado. A partir de entonces y hasta 1992, se contó con una museografía informal a base de reproducciones de piezas prehispánicas y algunas originales; se exhibía también una parte de la colección de pintura y escultura virreinal religiosa. Desde 1992 se dotó al recinto con una museografía adecuada para la exhibición de las colecciones de bienes culturales prehispánicos y virreinales que son parte de su acervo: piezas de las culturas chupícuaro y purépecha, más óleos y esculturas de arte sacro cristiano. De todas formas, la pieza más importante del museo es, con mucho, el gran claustro con sus dependencias, obra maestra de la arquitectura virreinal.

Fray Alonso de la Vera Cruz, el filósofo y evangelizador agustino, bendijo en noviembre de 1550 la primera piedra de la que habría de ser, en palabras del cronista fray Diego de Basalenque, “... la primera maravilla de las fábricas [de las construcciones] de la Nueva España”. Dirigió la obra fray Diego de Chávez (sobrino de Pedro de Alvarado, el conquistador), nombrado superior de la nueva misión agustina en el área chichimeca, y como inmediato ejecutor se desempeñó el maestro mayor (maestro de obras, arquitecto) Pedro del Toro, natural de Castilla la Vieja, a quien se debe la majestuosidad y original ornamentación del edificio. Nueve años tardó la construcción del convento y su formidable iglesia; la primera misa se celebró para Corpus Christi (60 días después de Pascua) de 1559.

El convento llegó a tener tal importancia en la región de Yuriria —y en un radio muy amplio— que en él se estableció el Colegio Agustino de San Pablo, el cual sirvió, durante más de 300 años, como alta casa de estudios de la orden y seminario donde se enseñaba “artes [leyes civiles y eclesiásticas, filosofía] y teología”. El colegio contó con una de las bibliotecas más ricas de la Nueva España, que fue incrementando su acervo conforme los agustinos duraban en el convento.

De las construcciones y anexos que formaban el Convento de Yuriria quedan hoy día la iglesia, la zona de servicio y el claustro. Donde se localizaban el atrio y el cementerio están ahora la Alameda de la ciudad y una gran plataforma que hace las veces de atrio. La iglesia está bajo custodia del clero secular y el claustro a cargo del INAH.

La entrada al convento es a través del “pórtico del racionero” (por donde se atendía a la gente menesterosa, y se recibía y controlaba los alimentos, ropas, muebles y todo lo perecedero que se consumía en el cenobio), formado por cuatro arcos de medio punto con machones (las bases de cada columna) y pilares adosados (columnas pegadas a una pared o a otra columna). La portería tiene una sencilla portada de estilo plateresco (de ornamentación moderada, más bien con líneas rectas) al igual que otras edificaciones conventuales del siglo XVI. El edificio se desarrolla alrededor de un patio cuadrado con un par de corredores que lo rodean en dos niveles, por los cuales se tiene acceso a las crujías de la planta baja (corredores con habitaciones a ambos lados), así como a los corredores que sirven de vestíbulo a las celdas de la planta alta; los “empujes” (es decir el peso) de las bóvedas de arista (formadas del cruce de dos bóvedas de cañón) del corredor en planta baja, y de las bóvedas de cañón corrido en planta alta, se sostienen con cinco arcos de medio punto con columnas de reminiscencia corintia (que se advierte, entre otras notas, por los capiteles con hojas de acanto), empotradas parcialmente en aquellos machones; en la planta alta las columnas son de estilo dórico (con capiteles flanqueados por espirales, que recuerdan cuernos de cabra).

En la planta baja se localizaba ese portal del racionero, la portería, la sala vestibular (de recepción formal), la cocina, las despensas, el granero, la sala “de profundis” (de reunión y oración penitente), el refectorio (comedor) y la escalera que comunica con la planta alta; arriba estaban las celdas de cada fraile, los “comunes” (las habitaciones grupales de aseo e higiene), las cátedras (las aulas) y la gran biblioteca.