Abarca la historia de esta región veracruzana hasta la llegada de los españoles. Inaugurado en 2004, este museo difunde la historia del valle de Córdoba entre el periodo más temprano y el inicio de la época virreinal.

Está organizado en tres partes: Etapa prehispánica (entre los años 400 a.C. y 1521): se desarrollan cronológicamente los primeros asentamientos y los periodos Clásico y Posclásico (200-1500); en esta parte es posible observar diversos objetos de cerámica, esculturas de piedra y barro, finos instrumentos musicales (antropomorfos y zoomorfos), joyas e implementos de trabajo; la pieza más espectacular es la del dios sol, elaborada en barro cocido; la colección arqueológica de Palmillas se componía de las colecciones que tenían bajo su custodia los ejidatarios y un particular (Daniel Cid). Periodo virreinal: exhibición de gráficos, mapas y objetos antiguos relacionados con la vida cotidiana en las haciendas de la región de Córdoba, que tuvieron su auge entre los siglos XVII y XIX. Cultura e historia de la población afromestiza del Golfo de México: se narra la trayectoria del caudillo Gaspar Yanga, líder de la rebelión de esclavos negros en la región central de Veracruz, cuya consecuencia fue la fundación, hacia 1570, de la Villa de San Lorenzo de Cerralvo (hoy Yanga), el primer territorio libre de esclavitud en América. Esta parte se encuentra aún en proceso de desarrollo.

Se diseñó el inmueble tomando como muestra la fachada del Museo de Antropología de Xalapa: una apariencia moderna, con amplios ventanales para apreciar la naturaleza y un patio central; en el vestíbulo se aprecian dos murales sobre la negritud y el caudillaje de Yanga.