Su sede fue declarada monumento nacional en 1869 por el presidente Benito Juárez. El 13 de septiembre de 1981, el inmueble abrió sus puertas como Museo Nacional de las Intervenciones, cuyo discurso gira en torno a los hechos que fueron conformando la identidad nacional y la política exterior mexicana actual con base en dos conceptos fundamentales: la no intervención y la autodeterminación de los pueblos.

A lo largo de diez salas, el visitante encuentra una explicación clara de los procesos históricos y las intervenciones armadas en México durante los siglos XIX y XX. Se abordan sobre todo la Independencia, la intervención española de 1829, las intervenciones francesas de 1838-1839 (la “Guerra de los Pasteles”) y de 1862-1867, así como las estadounidenses de 1846-1848, 1914 y 1916. 
Los acontecimientos se ilustran con gráficos, pinturas, litografías, grabados, fotografías, mapas, documentos, armas blancas y de fuego (cañones, fusiles, pistolas, balas, sables, espadas, marros, machetes), banderas y uniformes, medallas e insignias, esculturas, joyería, cerámica y muebles. Cabe destacar el biombo Batalla del 5 de mayo de 1862, pintado por Miguel Zetina en 1872, y las litografías de Carl Nebel que describen la guerra México-Estados Unidos desde la perspectiva de los intereses del país del norte.

El museo cuenta también con un importante acervo de arte sacro de los siglos XVII al XVIII. En abril de 2002, se abrió al público la cocina del Ex Convento de Churubusco, y en abril de 2006 se inauguraron el salón de usos múltiples Don Gastón García Cantú y el centro de consulta El Catalejo de la Historia, que ofrece al visitante la posibilidad de acercarse al conocimiento de la historia de México por medio de libros, folletos, videos y discos sonoros. En paralelo, se abrieron el antiguo baño y el refectorio conventual; en este último espacio se conservan dos calas arqueológicas, y pisos, lavamanos y dos crujías del siglo XVII.

La ubicación e importancia del Ex Convento de Churubusco radica en la intersección de tres tiempos emblemáticos: el del señorío de Huitzilopochco en la época prehispánica —conocido hoy como Churubusco—, el del Convento de Nuestra Señora de los Ángeles, que inició su construcción con el arribo de los franciscanos en 1524, y la fortaleza militar que se erigió en el convento para intentar detener a las tropas estadounidenses durante la intervención en 1847.