La ciudad prehispánica de Tres Zapotes, en Veracruz, es famosa entre otras cosas por el hallazgo de la primera cabeza colosal olmeca en 1862, debido al explorador José María Melgar y Serrano, y por los descubrimientos arqueológicos en diferentes temporadas de campo, que liberaron varios monumentos de la cultura olmeca.

El Museo de Sitio de Tres Zapotes (1975) se construyó al mismo tiempo que el Museo Regional Tuxteco. El diseño se debió al arquitecto Jorge Agostoni; se componía de módulos techados y abiertos, sin muros ni ventanas. En el 2005 se restructura el recinto, con una propuesta más apegada a conservar la colección lítica, por lo que se techaron las áreas abiertas y se colocaron ventanales. Un nuevo discurso museográfico corrió a cargo de especialistas en el tema, se incrementó el acervo en exhibición, y se diseñó una maqueta a escala de la ciudad prehispánica de Tres Zapotes perfectamente orientada, debido a que no se puede visitar la zona arqueológica.

Se compone el museo de dos salas: la 1° presenta un enterramiento humano del periodo Clásico con su ofrenda, algunas piezas de cerámica, vasijas, orejeras, malacates y hachas de piedra verde, más la cronología de la ciudad olmeca de Tres Zapotes; en la 2° sala se exhibe la colección escultórica con la cabeza colosal -la Cabeza de Hueyapan-, la estala Estela A, que contiene la cuenta total del calendario, y la D, y la pieza más relevante del museo, la Estela C, la más antigua de Mesoamérica.