El Museo de sitio de Pomoná se localiza dentro de la zona arqueológica homónima. Cobra importancia a partir de los resultados de exploración, consolidación y análisis de los materiales del Conjunto I de Pomoná, donde se obtuvieron los elementos necesarios para construir y sobre todo para dotar el Museo, que se inauguró en 1991. Su acervo es resultado de las excavaciones de tres temporadas de campo, de 1986 a 1988, efectuadas por el arqueólogo Roberto García Moll, además de una importante colección privada procedente de la región circunvecina del municipio de Tenosique, en Tabasco. 

El edificio del Museo es el prototipo de una casa tradicional tabasqueña, con patio interior, cubierta de teja tipo marsellesca a cuatro aguas. El interior y los portales despliegan columnas esbeltas, las cuales permiten un dominio pleno del área. Cuenta con una sala de exhibición.

Los objetos están distribuidos en 19 vitrinas y 12 bases donde se exhiben piezas de cerámica como cajetes, vasos, platos, figurillas, jarras, y elementos de lítica: metates, manos de metate o metlapillis, machacadores, hachas de piedra verde, cuchillos de pedernal, hachuelas de serpentina, excéntricos de pedernal, elementos de piedra caliza, así como diversos tableros con inscripciones jeroglíficas.

La importancia del Sitio de Pomoná radica en su ubicación geográfica, en una franja de contacto entre dos ecosistemas sierra-planicie: un lugar clave para estudiar las capacidades de adaptación y desarrollo social alcanzado por los mayas durante el periodo Clásico, con una forma de vida consolidada que se refleja en los materiales arqueológicos, lo que a la vez impulsó un desarrollo sociopolítico sobre el territorio.

Pomoná se destaca por su valioso aporte a la historia del pueblo maya, según se refleja en los diversos e importantes monumentos con inscripciones que dan cuenta de sus relaciones políticas con grandes señoríos mayas de la época, como Palenque y Piedras Negras.