Abrió sus puertas en noviembre de 1994 y fue uno de los logros del Proyecto Especial de Arqueología Monte Albán. Tiene una superficie de 1,200 m² y está dividido en áreas de exposición permanente y una sala de exposiciones temporales. La colección está integrada por 650 piezas arqueológicas, entre las que se encuentran grabados en piedra, utensilios y figurillas de cerámica, concha y restos óseos. Exhibe también el tesoro de la Tumba 7, encontrado por Alfonso Caso en 1932. Cabe recordar que este sitio prehispánico fue designado por la UNESCO como Patrimonio Cultural de la Humanidad —junto con la ciudad de Oaxaca— el 11 de diciembre de 1987.

Entre las temáticas en exposición el visitante conocerá la historia del descubrimiento y exploración del sitio, a través de los relatos de los múltiples viajeros que lo visitaron desde el siglo XIX, la fundación de la ciudad prehispánica sobre un macizo montañoso, la arquitectura, la cerámica, los ritos funerarios, la religión, el sistema de escritura, la influencia y el comercio que caracterizaron a esta gran urbe, así como el colapso final.