El Altar de san Buenaventura, no armoniza ni corresponde adecuadamente con el uso original del inmueble ya que la portería fue en su momento la entrada al antiguo Colegio de Propaganda Fide; de ahí que investigaciones recientes sobre las etapas constructivas del edificio, despejen las dudas del porqué de la ubicación de este altar. En 1859, tras las Leyes de Reforma impulsadas por Benito Juárez, el Colegio Apostólico de Propaganda Fide se fraccionó, quedando bajo resguardo de los frailes los claustros y el coro. En 1862 el gobierno cedió al departamento de Instrucción Pública otra  parte del edificio en donde se estableció una escuela de artes y oficios. La portería continuó bajo el cuidado franciscano hasta 1878 al cederse oficialmente el espacio, con base en unos planos realizados por el topógrafo Sixto Espinoza. Probablemente, hasta entonces la Portería fungió como una pequeña capilla para uso exclusivo de los frailes.