Las tres extensas salas de la planta baja tienen por objetivo la recuperación de la memoria histórica local. La temática expuesta incluye los vestigios arqueológicos de la región al momento del arribo de los españoles, los procesos de conquista, la fundación de la Villa Real, el régimen virreinal, la evangelización, la orden dominicana y sus construcciones locales hasta convertirse en un grupo de poder en Chiapas, el obispado de Chiapan, así como fray Bartolomé de las Casas y su Historia de las Indias.

En la colección destaca la plata de la diócesis y la pintura de caballete del ayuntamiento de la ciudad. Hay dos piezas importantes en madera estofada: Santiago Matamoros Dominico y San José Franciscano, además del santoral dominico de devoción de la ciudad y sus barrios, y la extraordinaria colección de textiles y de artefactos prehispánicos de producción textil.