Con una colección de aproximadamente 150 piezas, la exposición cuenta con una sola sala dividida en tres secciones, correspondientes a los periodos Clásico (250-650), Posclásico (1300 a 1521) y al momento de la conquista (1520-1521).

El periodo Clásico está ricamente plasmado en el museo con cuatro vitrinas en las que se exhiben piezas arqueológicas representativas de las actividades domésticas, la estratificación social, los ornamentos utilizados por sacerdotes manifestado en figurillas, la actividad religiosa, los principios cosmogónicos y cosmológicos, el panteón de deidades, aspectos de la organización político-económica de la sociedad y productos de comercio e intercambio, así como las rutas por donde circulaban.

La sección del periodo Posclásico inicia con una hermosa pieza única polícroma, conocida como "Octecomatl". Asimismo, se expone de manera muy descriptiva la siembra, explotación, consumo y distribución del pulque, la bebida más importante de los grupos mesoamericanos.

En la tercera sección, correspondiente a la época de la conquista, se expone el sacrificio de los cautivos de una caravana proveniente de la Villa Rica de la Vera Cruz que trasportaba enfermos y propiedades de Hernán Cortes, así como de otros españoles. En la zona se localizaron restos óseos humanos de diferentes etnias con evidencias de manipulación cultural post mortem. También se exponen objetos metálicos y cerámicos traídos por los europeos, y figurillas con características no mesoamericanas que manifiestan la manera en que fueron vistos los europeos por los naturales.