Los zapotecas se llamaban a sí mismos; benizáa o ben’zaa, que, en su idioma significa “gente de las nubes”, debido a su vida regida por las altas montañas cubiertas por la benéficas nubes que su protector, el dios Cocijo, señor del rayo y la lluvia, tenía para dar a sus hijos predilectos la benéfica lluvia que vuelve a la tierra verde como el sagrado jade. El nombre de zapotecas, con el cual ahora los conocemos, deriva de la palabra náhuatl Tzapotecatl que significa “pueblo del zapote”, árbol de gran abundancia en la región.  Es muy probable que los benizáa nunca utilizaran este nombre para referirse a sí mismos.

En el antiguo territorio oaxaqueño, conviviendo con este grupo, vivían, y aún lo hacen, 15 etnias diferentes: mixtecas, mixes, chatinos, chontales, zoques, mazatecas, triques, chocos, cuicatecas, chinantecas, huaves, amuzgos, popolocas, ixcatecos y desde mediados del siglo XV, los nahuas.  Cada uno de los grupos indígenas, hablaban su propio idioma y habitaban distintos territorios.

Los zapotecas vivieron en los Valles Centrales, las sierras norte y sur y el istmo de Tehuantepec.  Los arqueólogos piensan que por lo menos desde 1000 a.C. los dirigentes de un centro comercial llamado San José Mogote, controlaban la cultura, la política y la economía. Para el año 500 a.C., cuando fundan la ciudad de Monte Albán, indudablemente son los dominantes numerosas poblaciones que habitan en la región, rápidamente su influencia se deja sentir aun en regiones distantes dentro de Oaxaca y aun en ciudades tan lejanas e importantes como Teotihuacán.  Su fuerza política y económica dura hasta el año 850 a.C. cuando la pérdida de su poder cede ante otras comunidades del territorio.