El recorrido continúa con la exposición de las principales características que permearon la vida de la primera sociedad novohispana después de la conquista militar. Aquí se reconocen algunos rasgos que formaron parte de esta época de cambios bruscos y definitivos para el futuro de México. Una ambientación que evoca la llegada del gobierno virreinal y una maqueta de la construcción de un convento del siglo XVI destacan el establecimiento de un nuevo orden civil y religioso sobre los pueblos indígenas. Diversas piezas de herrería, orfebrería y cerámica aluden a la explotación de las riquezas naturales y de la mano de obra indígena en la introducción de nuevos cultivos y tecnologías como la minería, el ganado y la caña de azúcar. Retratos de misioneros, objetos litúrgicos y facsimilares de vocabularios y catecismos revelan el proceso de la conquista espiritual, encabezado primero por las órdenes regulares y después por la iglesia secular. En este espacio se hace énfasis en el surgimiento de  un mestizaje cultural, producto de la permanencia de prácticas prehispánicas y de la introducción de un nuevo pensamiento europeo.