El último tema expuesto en el museo es el referente a la declinación de la cultura Chalchihuites. Luego del periodo de apogeo cultural y demográfico el sitio dejó de participar en redes de intercambio, lo que contribuyó a la decadencia del centro ceremonial e hizo evidente una falta de control por parte de la clase dirigente a finales del siglo IX, dando como resultado el abandono de manera definitiva hacia el año 950, a raíz de lo anterior se registran movimientos poblacionales hacia el valle del Guadiana, en el actual estado de Durango, dando inicio a la etapa tardía de la cultura Chalchihuites (875-1400/1450), desarrollando nuevas redes de intercambio cultural. En esta área se presentan objetos cerámicos tales como vasijas y fragmentos de cuencos procedentes de los valles del estado de Durango.

En esta última área del museo se expone el discurso de continuad cultural, mostrando semejanzas entre algunas prácticas de los pobladores antiguos de Alta Vista con algunas tradiciones de los actuales pueblos huichol y cora, habitantes del Gran Nayar. Para cumplir dicho objetivo, aquí podemos observar copias de ofrendas huicholas y de manera sobresaliente se exhibe una copa ceremonial, perteneciente a una ofrenda (550-875). En cerámica decorada al pseudocloisonné, la cual demuestra la sorprendente continuidad cosmogónica, se describe el momento en que el sol (águila) devora a la serpiente para controlar las lluvias y que éstas sean benéficas para las siembras.