En 1521 inició el lento proceso de colonización y cristianización del archipiélago de Filipinas, nombrado así en honor del rey español Felipe II cuando España conquistó y colonizó aquella región asiática. Filipinas mantuvo un estrecho intercambio comercial con la Nueva España mediante los viajes del galeón que zarpaba del puerto de Acapulco al puerto de Manila.

Siguiendo este tránsito, en 1596 el navío español llamado de San Felipe que iba de Manila, Filipinas a Acapulco naufragó en las costas de Japón. Al ser capturado el capitán de la embarcación Francisco de Landa, fue llevado ante el emperador Tagcosama, declarando que los misioneros franciscanos y jesuitas servían de avanzada para facilitar la labor de invasión del ejército español. Tal fue la reacción del gobernante, que mandó a su shogun Toyotomi Hideyoshi (capitán general para combatir a los bárbaros), apresar a tres jesuitas, seis franciscanos y 17 cristianos japoneses los cuales fueron trasladados por varias poblaciones durante el invierno a lo largo de 800 kilómetros, torturados al cortarles una oreja como símbolo de humillación, con el fin de mostrar a los habitantes el castigo otorgado a los cristianos conversos. Finalmente fueron amarrados a una cruz y traspasados con dos lanzas cruzadas, en Nagasaki en 1597; y canonizados los 26 presos conocidos como los "mártires del Japón", en 1862.