Comprende desde la prehistoria —ya que los vestigios más antiguos de actividad humana en México datan de alrededor del 7000 a.C. en el Valle de Tehuacán— hasta la actual vida cotidiana. Inaugurado en 1974 para festejar el centenario de la Batalla de 1862, el Museo Regional de Puebla se alojó en un moderno edificio diseñado por el arquitecto Abraham Zabludovsky 14 años antes, en 1962, como parte del Centro Cívico 5 de Mayo Los Fuertes, un proyecto urbano arquitectónico que convirtió esta zona histórica en una especie de parque-monumento para disfrute de la población.

La exposición permanente está distribuida en cuatro secciones donde se abordan las siguientes temáticas: 1, Sala de Introducción. Proporciona datos útiles sobre la geografía y climas del estado, desde los áridos desiertos del sur hasta las selvas tropicales de la Sierra Norte. 2, Sala de Arqueología. Se remonta a la prehistoria, con los vestigios y muestras recogidos en el Valle de Tehuacán, como hachas, raspadores y cuchillos de piedra tallada. Con respecto a la época prehispánica, cuenta con una excelente exposición de cerámica policroma producida por los alfareros cholultecas durante el horizonte Posclásico (900 a 1521). 3, Sala de Historia. Cubre desde la Conquista de México por los españoles hasta la Revolución Mexicana. Del periodo de la Conquista sobresale el Lienzo de Tlaxcala, códice colonial que ilustra la entrada de los conquistadores españoles en el valle poblano-tlaxcalteca. El Virreinato está representado por la amplia variedad de piezas de talavera poblana, junto con pinturas y esculturas de madera estofada. La Independencia está ilustrada con algunos cañones, armas y uniformes. Del Porfiriato se exhiben una carroza y atuendos que permiten apreciar la opulencia con que vivían las clases privilegiadas, así como cascos, sombreros militares, armas y utensilios de la época. En cuanto a la Revolución Mexicana, en la que Puebla ocupó un lugar importante, se exhiben libros, pasquines y fotografías que ilustran el ambiente revolucionario que culminaría con la gesta heroica de los hermanos Serdán. 4, Sala de Etnografía. Muestra instrumentos, herramientas y utensilios de los que se sirvieron diversas comunidades campesinas en sus actividades productivas; la vida cotidiana a través de muebles, ropa, juguetes, medicamentos y útiles escolares; las danzas folclóricas de las distintas regiones del estado, con sus trajes y máscaras, y el ciclo de la vida: una colección de ornamentos elaborados en papeles de colores, tela, cera y plástico, que hacen referencia a la vida de un ser humano desde su nacimiento hasta la muerte.