Panorama de las 18 misiones establecidas por la Compañía de Jesús en la península de Baja California. Se localiza a un costado de la Misión de Nuestra Señora de Loreto —en el edificio de su Almacén—, construida en el siglo XVII por los jesuitas, si bien, con la expulsión general de la orden en 1767, pasó a manos de los franciscanos y, posteriormente, de los dominicos. Cuenta con seis salas de exposición permanente, en las cuales se puede apreciar una colección de arte religioso, armas y herramientas de los siglos XVII y XVIII. A través de estos objetos, el visitante obtiene una visión del desarrollo de las misiones que los jesuitas establecieron en Baja California. Del mismo modo, el museo ofrece información acerca de los pueblos originarios de la península al momento de la llegada de los españoles, y exhibe objetos que estos primeros pobladores empleaban tanto para las labores agrícolas y ganaderas como en su vida cotidiana.

El Museo de las Misiones de Loreto, desde su fundación, constituye uno de los espacios culturales más importantes no solo del estado de Baja California Sur, sino de la península de Baja California e incluso del estado norteamericano de California, pues aquí se encuentra el origen del proceso de ocupación y poblamiento del vasto territorio de las Californias. Por el tipo de colecciones que predominan en él, bien podría considerarse un museo de arte sacro, el único en el noroeste del país, y el de mayor antigüedad en la región.

Sus colecciones le confieren un atractivo cultural y turístico, y el inmueble en sí constituye un activo patrimonial de relevancia, al formar parte del conjunto arquitectónico de la primera construcción de las Californias, fundada por el misionero jesuita de origen italiano Juan María de Salvatierra en 1697.

Su disposición espacial guarda la distribución del Almacén General determinada por el visitador José de Gálvez. Las habitaciones destinadas originalmente al resguardo de granos, azogue, telas, herramientas y demás insumos llegados de las costas de Sinaloa son ahora las salas de exposición permanente, de exposiciones temporales, así como de un centro de documentación histórica en proceso de habilitación. El jardín interior es una evocación de las antiguas huertas misionales, con una muestra de algunos de los cultivos introducidos en el periodo y que hoy en día constituyen un importante referente identitario: la vid, los olivos, frutales y cítricos, de rápida adaptación al suelo californiano.

En este espacio, además, se llevan a cabo periódicamente eventos culturales como conciertos de música clásica, conferencias, presentación de libros, proyección de documentales, talleres y obras de teatro.

Se trata de un monumento del siglo XVIII. José de Gálvez y el virrey marqués de Croix fueron los primeros responsables de aplicar las reformas borbónicas en la región y en Nueva España, entre cuyas graves medidas estaba la expulsión de la Compañía de Jesús, así como el proceso de secularización de los pueblos misionales. Para el proceso de sustitución de las misiones por curatos, así como del fomento al poblamiento civil, se ordenó precisamente construir el Almacén General, para el acopio y distribución de insumos a los diferentes pueblos de la península.

Después de permanecer en el abandono durante buena parte del siglo XIX, el inmueble se convirtió en albergue y escuela rural. En la década de 1970, la presencia del Instituto Nacional de Antropología e Historia se fortaleció en la entidad a través del rescate y restauración de los templos misionales jesuíticos; en ese proceso surge la creación de un museo de sitio que abordará el proceso histórico del régimen misional. De esa forma nace, el 1° de diciembre de 1973, el Museo de las Misiones Jesuíticas de Loreto, en el antiguo edificio del Almacén General, contiguo al templo de la misión de Nuestra Señora de Loreto. La colección del museo se integró con piezas de arte sacro que formaron parte de la ornamentación de algunos templos jesuíticos del territorio, restauradas por el propio Instituto. Complementaron el acervo objetos de uso cotidiano del periodo misional, así como instrumentos, artefactos y herramientas confeccionadas en ranchos de las sierras de La Giganta, Guadalupe y San Francisco, para ejemplificar el proceso de poblamiento del siglo XIX y la construcción la identidad sudcaliforniana, emanada de los ranchos, centros mineros y pueblos misionales.

Actualmente forman el acervo del museo piezas de arte sacro, particularmente pinturas de caballete al óleo, así como esculturas de madera tallada, estofada y policromada del siglo XVIII, y objetos de carácter etnográfico de los ranchos de las serranías del norte del estado, lo mismo que herramientas líticas de los grupos peninsulares que habitaron la región de Loreto.