Presenta diversos aspectos de la cultura novohispana, así como de los ocupantes originales del inmueble donde está instalado. Su sede es el antiguo Colegio Jesuita de San Francisco Javier en Tepotzotlán, en el actual Estado de México. Fue inaugurado el 19 de septiembre de 1964 con el propósito de ofrecer un amplio panorama de la vida durante la dominación española, pues no existía en el país un museo que abarcara los 300 años (1521-1821) que duró dicho periodo. El inmueble es una joya en sí mismo. Restaurado a conciencia en su totalidad, conserva todas las dependencias originales, las cuales fueron construidas y decoradas entre 1606 y 1767: la iglesia con su sacristía y capilla; dos claustros de dos niveles cada uno, el de los Aljibes y el de los Naranjos, con sus respectivos aposentos; la capilla doméstica —de San Pedro Apóstol—, la biblioteca, el refectorio y la cocina. Aquí se alojaban, estudiaban, oraban y descansaban los profesores, alumnos y trabajadores del colegio. El atrio y la huerta rodean el edificio. Anexo al Claustro de los Aljibes se encontraba el patio de la hospedería con sus caballerizas, pues la relativa clausura obligaba a los posibles huéspedes a alojarse en esta zona, por estar fuera del área restringida. En la actualidad, este lugar funciona como restaurante u hostería del Colegio.