Alrededor del año 600 antes de nuestra era, un modesto poblado se asentó en un valle con muchos sectores anegadizos. Diseñaron un sistema de captación, traslado, almacenamiento y desecho de agua pluvial. Se rellenaron también muchos desniveles y se conformaron espacios llanos que luego servirían para erigir diversas edificaciones. Por eso hoy es relativamente sencillo recorrer amplios sectores planos por los que accedemos a los antiguos edificios del sitio.

La ordenada división del trabajo llevó a construir 10 grandes canales en la parte norte del valle, 31 canales alimentadores en el sector adjunto a la arquitectura monumental, 84 depósitos de varias dimensiones y un eficaz juego de desniveles que facilitaba la distribución del agua, siempre de norte a sur. El sistema desaguaba en otro gran canal ubicado al sur, donde el líquido se acumulaba en una especie de foso y desde ahí otro canal drenaba el agua excedente nuevamente hacía el sur, rumbo a la cuenca del río Champotón. Como complemento, algunas familias contaron también con chultunes o cisternas subterráneas para agua de lluvia.

Las exploraciones en varios edificios y grupos arquitectónicos de Edzná han permitido saber que los constructores orientaron los ejes de sus principales obras con relación a los fenómenos astronómicos. Ello se explica por el gran interés que tenían en el curso de los cuerpos celestes y en sus ciclos, así como por la asociación de tales temas con aspectos religiosos.

Aunado a lo anterior, los constructores mayas usaron módulos o medidas promedio, en especial múltiplos vigesimales que nosotros identificamos como 80 y 160 metros. El uso de 20 pasos y sus múltiplos genera distancias aproximadas con las que definieron dónde ubicar esquinas, escalinatas, etc. Estas prácticas para diseñar el espacio y su crecimiento a través del tiempo fueron comunes en el mundo maya, pero fueron realizadas previamente por los olmecas y también se utilizaron en otras sociedades del México antiguo.

Las construcciones más antiguas de Edzná corresponden a la arquitectura Petén, obras que podemos ver en múltiples puntos de la península yucateca desde inicios de nuestra era hasta el año 600 d.C. Los mejores ejemplos son la escalinata poniente de la Gran Acrópolis, el basamento de la Pequeña Acrópolis, el Templo del Sur y el conjunto de la Vieja Hechicera.

En el Clásico Tardío (600-900 d.C.) se erigieron edificios a la usanza Chenes, con columnas recubiertas de sillares bien labrados y, seguramente, fachadas con grandes representaciones del Monstruo de la Tierra, en donde la boca hace las veces de entrada. Lo sabemos por varios grandes colmillos de piedra encontrados fuera de contexto en construcciones tardías.

De manera casi paralela, los constructores de Edzná erigieron obras con arquitectura Puuc, de sillares muy bien tallados, sobrias fachadas de claroscuros y frisos decorados. Algunos ejemplos son la Plataforma de los Cuchillos, el Juego de Pelota y sectores del costado poniente del Edificio de los Cinco Pisos.

Alrededor del año 900 d.C. las modificaciones de varios edificios llevaron a crear curiosos taludes convexos flanqueando escalinatas. Los más llamativos se encuentran en los costados norte y oriente del Edificio de los Cinco Pisos, pero también pueden verse en el Patio Puuc y en el Edificio 501. Son producto de la modificación de los elementos peteneros. A ese tiempo también corresponden la estructura circular (tras el Nohochná), los edificios del Patio de los Embajadores y la Estructura 512.

Finalmente, durante los últimos siglos de actividad en el sitio se erigieron construcciones que llamamos tardías y que corresponden al periodo Posclásico (1000-1450 d.C.). Se caracterizan por reutilizar sillares de construcciones previas o bien por agrandar los volúmenes arquitectónicos.